Pajak perusahaan termasuk dalam pajak langsung sehingga harus dibayarkan langsung oleh Wajib Pajak itu sendiri dan biasanya dibayarkan secara berkala. Sebagai salah satu wajib pajak, perusahaan, baik yang berbentuk PT, CV, dan firma juga ikut merasakan manfaat dari pembangunan tersebut. Oleh karena itu, perusahaan juga merupakan Wajib Pajak yang dan diwajibkan untuk membayar pajak.
Secara umum ada beberapa jenis pajak yang dikenakan kepada perusahaan. Pertama, Pajak Penghasilan (PPh) Pasal 21. Menurut Peraturan Direktur Jenderal (Perdirjen) Pajak Nomor PER-32/PJ/2015, PPh 21 adalah pajak atas penghasilan berupa gaji, upah, honorarium, tunjangan dan pembayaran lain dengan nama dan dalam bentuk apa pun sehubungan dengan pekerjaan atau jabatan, jasa, dan kegiatan yang dilakukan oleh orang pribadi subjek pajak dalam negeri. Untuk membayar pajak ini, biasanya perusahaan akan memotong penghasilan karyawan secara langsung. Perusahaan juga wajib memberikan bukti potong PPh 21 kepada karyawannya setelah pajak itu telah disetorkan kepada pemerintah.
Kedua, PPh Pasal 23. Pajak ini dikenakan pada penghasilan berupa modal, penyerahan jasa, atau hadiah dan penghargaan, selain yang telah dipotong PPh Pasal 23. Secara sederhana, PPh 23 dikenakan pada transaksi yang terjadi antara pihak yang menerima penghasilan (penjual atau pemberi jasa) dengan pihak yang memberikan penghasilan (pembeli atau penerima jasa). Pihak pemberi penghasilan akan memotong PPh 23 dari penghasilan yang diberikan kepada penerima penghasilan, kemudian melaporkannya ke pusat/negara. Besaran tarif PPh 23 ini beragam, tergantung pada objek pajaknya.
Ketiga, PPh Pasal 26, yakni pajak yang dikenakan pada penghasilan yang diterima oleh Wajib Pajak luar negeri dari Indonesia selain bentuk usaha tetap di Indonesia. Keempat, PPh Pasal 25, yakni pajak perusahaan berupa angsuran atas pajak terutang, ini mengacu pada PPh yang terutang pada SPT Tahunan PPh Badan atau perusahaan tahun sebelumnya.
Kelima, PPh Pasal 29, yakni PPh kurang bayar yang tercantum dalam SPT Tahunan PPh, yaitu sisa PPh terutang dalam tahun pajak yang bersangkutan dikurangi dengan kredit PPh (PPh 21, PPh 22, PPh 23, PPh 24) dan PPh 25.
Keenam, PPh Pasal 4 Ayat (2) atau biasa disebut juga PPh Final. Pajak ini dikenakan pada Wajib Pajak atas beberapa jenis penghasilan yang diterima dan pemotongannya bersifat final. PPh Final ini juga tidak dapat dikreditkan dengan pajak penghasilan terutang. Ketujuh adaslah Pajak Pertambahan Nilai (PPN), yakni pajak yang dibebankan atas transaksi jual beli barang kena pajak atau jasa kena pajak yang dilakukan oleh wajib Pajak pribadi maupun Wajib Pajak badan. Pada pajak ini, pihak yang memungut, menyetor dan melaporkan PPN adalah pihak penjual, tetapi pihak yang membayar PPN tersebut adalah konsumen akhir atau pembeli. Namun, tidak semua perusahaan dikenakan pajak ini, melainkan perusahaan yang telah dikukuhkan sebagai pengusaha kena pajak (PKP)